El 29 de marzo de 2005, la Fiscalía Agrario Ambiental del Ministerio Público, solicitó al Juzgado Penal de Limón desde el  14 de marzo, medidas cautelares en defensa del Refugio de Vida Silvestre Gandoca Manzanillo, sitio Ramsar de importancia internacional,  basada en los artículos 140, 289 del Código Procesal Penal, así como el artículo 50 de la Constitución Política que garantiza el derecho a un ambiente sano y ecológicamente equilibrado.

Las medidas se han pedido hasta tanto no recaiga sentencia firme en la causa 04-7055-647-PE, tramitada por el delito de Invasión de áreas de protección para que se acoja o deniegue la restitución de las cosas al estado que tenían antes del hecho.

En aquel momento, el Fiscal Auxiliar Agrario Ambiental consideró que “la medida solicitada es idónea y útil en este momento procesal, dado que aún no han sido construidas infraestructuras turísticas y habitacionales y se está en un proceso acelerado que pretende cambiar el uso del suelo de bosque a otros diversos.” Además, las medidas cautelares solicitadas fueron las siguientes:

1. Para los co imputados se solicitó “la paralización total de las labores de corta de vegetación, apertura de caminos y cualquier otra relacionada con infraestructura turística o habitacional en la zona”.
2. Para el Administrador del Refugio de Vida Silvestre Gandoca Manzanillo: suspender el otorgamiento de permisos de corta o eliminación de vegetación dentro del Refugio de Vida Silvestre Gandoca Manzanillo y cualesquiera otros que conlleven la explotación de los recursos naturales dentro del Refugio de Vida Silvestre Gandoca Manzanillo y mantener una vigilancia permanente sobre las actividades de destrucción de vegetación y construcción de infraestructura dentro del Refugio, a fin de paralizar esta clase de actividades en forma inmediata e interponer las denuncias ante el Ministerio Público”.
3. Para el Administrador del Refugio de Vida Silvestre Gandoca Manzanillo y representante de la sociedad MAR y MAC y al Comandante de la Fuerza Pública de Limón:  “en relación con la construcción de un camino en terreno poseído por la sociedad MAR y MAC,… proceder a la remoción inmediata del material colocado en el sitio para la construcción del camino, en vista de que aún no ha sido compactado, por lo que aún se puede evitar el daño ambiental”.
4.  Para el Comité Zonal de Manzanillo:  “abstenerse en lo sucesivo de otorgar permisos de corta de árboles, apertura de caminos o cualquier otra actividad dentro del Refugio de reiterada cita”.

5. Para el  Director del Área de Conservación la Amistad Caribe y el Administrador del Refugio de Vida Silvestre Gandoca Manzanillo:  “suspender la aplicación del Plan de Manejo y la zonificación respectiva, hasta tanto no se determine en sentencia, la naturaleza de la franja costera que va desde Cocles a Manzanillo, así como la ilegalidad de las acciones investigadas”.

En 1995 inició el proceso de elaboración del Plan de Manejo del Refugio de Vida Silvestre Gandoca – Manzanillo, a cargo de un equipo interdisciplinario de científicos nacionales e internacionales, el cual fue aprobado en el año 2003 por el Ministerio del Ambiente y Energía a través del Área de Conservación Amistad Caribe. Pese a que el Plan fue realizado por un grupo profesional interdisciplinario, experimentado y reconocido y revisado por los funcionarios del MINAE y del Refugio, con el fin de orientar el manejo adecuado para garantizar a largo plazo la representatividad de los ecosistemas presentes mediante una zonificación adecuada, la implementación del mismo ha sido un fracaso y cabrían responsabilidades civiles y penales contempladas en las leyes correspondientes, por lo que vecinos y organizaciones ecologistas han presentado  distintas denuncias ante diferentes entes, incluido el Ministerio Público donde parece estar teniendo respuesta finalmente.

Por último, María Elena Fournier, de la Asociación Conservacionista Yiski y miembros del Foro Popular Ambiental, consideró que “las medidas cautelares solicitadas por la Fiscalía Agraria Ambiental, han sido tomadas con gran beneplácito de parte de las personas y organizaciones que han venido asumiendo la defensa por la afectación de humedales y bosques costeros dentro del Refugio de Vida Silvestre Gandoca Manzanillo”. Además, indica que se trata de antecedentes de lo que ocurre ahora en REGAMA y que en el momento adecuado no se hizo nada.