Ir al contenido principal

Etiqueta: adn

25 de abril, Día Internacional del ADN

El material genético y la herencia

Dra. Mariela Arias-Hidalgo
Directora Posgrado en Ciencias Biomédicas
Departamento de Fisiología, Escuela de Medicina
Universidad de Costa Rica
Invitada de ACANAMED

El ser humano sabía que existía alguna forma de heredar características en los seres vivos. Un ejemplo de ello es la domesticación de plantas y animales mediante reproducción controlada, que se ha practicado desde hace miles de años. Sin embargo, este conocimiento era empírico y pasó mucho tiempo hasta conocer todo lo que hoy en día sabemos sobre el material genético y la herencia.

Breve repaso histórico

El concepto de herencia nos habla de que existen rasgos que se pueden pasar de generación en generación. Entre 1856 y 1863 Gregor Mendel realizó experimentos cruzando chícharos con diferentes características de color y textura; sus resultados son la piedra angular de lo que ahora conocemos como “Las Leyes de Mendel” y que explican la herencia genética.

En 1869 el científico Friedrich Miescher aisló por primera vez el material genético a partir de huevos de salmón. En 1902, el médico Archibald Garrod utilizó las leyes de herencia de Mendel y describió a la alcaptenuria, la primera enfermedad hereditaria en la historia. Posteriormente, en 1920 el botánico Hans Winkler acuñó la palabra “genoma” para describir el conjunto completo de material genético en cada célula. Ya para 1928 Fedrerick Griffith hace experimentos en donde se mezclaban dos cepas de bacterias y encuentra un “factor transformante” ya que la virulencia de una cepa “transformó” a una no virulenta. Para 1929 se determinó que los ácidos nucleicos estaban compuestos por bases nitrogenadas y fosfatos. En 1944 Avery- MacLeod y McCarty identifican que el “factor transformante” tiene los componentes de los ácidos nucleicos.

Todo el conocimiento previamente generado sirvió de base para que en los años 50s Watson, Crick, Wilkins y Franklin revelaran la estructura del ácido desoxirribonucleico (ADN), descubrimiento que les valió el premio nobel a los 3 primeros en 1962. A partir de los 70s se desarrollaron las primeras técnicas moleculares de secuenciación. Con el avance de la biología molecular, en 1983 se logró el primer mapeo de una enfermedad genética, la enfermedad de Huntington, causada por una alteración en el cromosoma 4.

En 1985 Kary Mullis inventa la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) y, con ello, inicia el desarrollo de las técnicas de secuenciación que llevó al nacimiento del proyecto de secuenciación del genoma humano en 1990. Esta tarea fue larga ya que hasta el 2003 se publicó el primer genoma (incompleto) y en marzo 2022 se publica en forma completa. Actualmente, con los nuevos equipos de secuenciación, el análisis del material genético es cada vez más fácil, rápido y barato lo que ha permitido la democratización del diagnóstico molecular.

ADN y enfermedad

El ADN se compone de un esqueleto de azúcar y fosfato con cuatro bases nitrogenadas distintas que funcionan como un alfabeto. El orden en que se encuentran esas “letras químicas” es crucial pues un solo cambio, por ejemplo, cambiar de GAT a GAG, puede generar instrucciones alteradas y con ello modificar el significado de la información genética contenida en un gen. Estos cambios se conocen como mutaciones y cada una genera lo que conocemos como alelos (formas alternativas de un gen o región codificante). Si hay más de dos alelos en un gen se habla de que es polimórfico.

Tan solo de un 1-2% del ADN es codificante, es decir, que produce moléculas con función biológica, tales como las proteínas. Las zonas no codificantes, a pesar de no tener productos directos, pueden regular lo que pasa con las zonas codificantes. Por lo tanto, dependiendo de dónde se produzca una mutación y el tipo de mutación (silentes o patogénicas) se pueden producir cambios que afecten el fenotipo (manifestación visible del genotipo o conjunto de genes) y estos cambios en algunas ocasiones pueden tener efectos sobre nuestra salud.

Los alelos de cada gen se pueden segregar de forma independiente durante la generación de los gametos según las leyes de Mendel (herencia Mendeliana). Si esto ocurre podemos clasificar las características o enfermedades en 3 grupos: dominantes, recesivas o ligadas al sexo. En las enfermedades dominantes, con solo un alelo alterado para presentar la enfermedad. En el caso de las enfermedades recesivas ambas copias deben estar alteradas, lo cual implica que heredamos un alelo mutado de cada padre y ellos, si fueran sanos, los llamaríamos “portadores”, es decir que ellos tienen una copia “sana” y una “enferma”, pero la “sana” compensa por la “enferma”.

La herencia ligada al sexo quiere decir que la alteración está en los cromosomas sexuales, por lo tanto, son mutaciones que encontramos en el cromosoma X o en el Y. En el caso de la herencia ligada al sexo también podemos hablar de herencia dominante o recesiva. En el caso de la herencia recesiva ligada al X, como los hombres solo tienen una copia (XY), no existe la compensación que si hay en las mujeres por contar con dos copias (XX), por lo que en los hombres se presentará la enfermedad, aunque sea de herencia recesiva.

El uso de las leyes de la herencia y el análisis de los árboles genealógicos se utiliza aún el día de hoy para investigar si una enfermedad pudiera o no ser genética y determinar su tipo de herencia. Es importante recordar que no todas las características o enfermedades siguen los tipos de herencia mendeliana. En algunos casos podemos tener otros fenómenos como la codominancia (dos genes con igual efecto sobre el fenotipo), la dominancia incompleta (fenotipo intermedio) o la herencia poligénica (muchos genes involucrados en la expresión de una característica).

En general, con cada avance científico y tecnológico hemos descubierto que hay muchas más capas de regulación de lo que creíamos, lo cual ha agregado complejidad al entendimiento del control de la expresión genética. Ahora sabemos que el ARN puede tener muchas funciones, o que existen marcas epigenéticas y que todo esto puede alterar la forma en que se expresa un gen, lo cual repercute en cómo se pueden producir las enfermedades genéticas.

A pesar de esto, hoy en día los estudios basados en genética clásica, como la que se describe en este artículo, siguen siendo importantes para entender los mecanismos de herencia, en particular cuando nos enfrentamos a una enfermedad nueva o poco conocida. Por lo que muchos de estos conceptos no pierden vigencia a pesar de que fueron formulados hace más de 100 años.

ADN liguista y morado

José Luis Valverde Morales.

José Luis Valverde Morales

Algunos le hablan a la gente del ADN del Deportivo Saprissa, como si los aficionados al fútbol (algunos con baja escolaridad) supieran de qué se trata.

El ADN, o ácido desoxirribonucleico, es el material que contiene la información hereditaria en los humanos, en otras palabras, aquello que nos hace diferentes, distingue, los rasgos propios de la personalidad.

Moda

Los saprissistas pusieron de moda hablar de su ADN, algunos rasgos particulares diferenciadores del resto, la saprihora, por ejemplo, ganan partidos en el último minuto.

También los distingue (según ellos) la fidelidad de la afición.

Además, se dicen conquistadores de campeonatos por excelencia.

Como si fuera poco, se manifiestan el equipo del pueblo, con aficionados en todo el país, el de más seguidores.

Los códigos del camerino están establecidos, quien llega a vestir la camisa morada, lo hace, en sentido figurado para dar la vida por ella.

A la vista

Los resultados están a la vista, ya le lleva más de 10 títulos a su archirrival, Liga Deportiva Alajuelense.

En la acera del frente, el camino ha sido diferente, el fútbol como negocio, los marcadores distintivos del liguismo tomaron otro rumbo desde la era exitosa de Oscar “El Machillo” Ramírez.

Figuras emblemáticas desaparecieron de las ligas menores. Mientras Saprissa mantenía en sus divisiones inferiores a Vladimir Quesada y otros, en Alajuela le daban las gracias a los Montero, Oviedo, Miso, Delgado, Izaguirre.

En tanto Horizonte Morado rescataba la idea (luego de la era mexicana de Jorge Vergara), de devolverle el equipo a sus legítimos dueños, ¡los ticos!, en la Liga apostaban por gente con pergaminos académicos, visión de negocio, pocas raíces del pasado.

¿Espejismo?

En ese espacio surge el Centro de Alto Rendimiento (CAR), esa suerte de “Masia” criolla, donde el Barcelona de España incuba sus futuras joyas, estilo Lio Messi y tantos otros.

Es peligroso el espejismo de hacerle creer a jóvenes adolescentes, ahora de ambos sexos, que están ahí como los elegidos, por medio del fútbol resolverán sus carencias, en equipos de primer nivel en el mundo.

Para reforzarles la idea, posiblemente sin proponérselo, devolvieron como espejos a quienes con el sacrificio de juventud lograron éxito: Bryan Ruiz, Junior Díaz, Celso Borges, Joel Campbell, Michael Barrantes.

Los jugadores en formación inconscientemente no están pensando quedarse en la Liga, ellos miran los goces de Europa, ese pareciera ser el nuevo ADN manudo.

De seguir así el asunto, en el patio casero, el saprissismo seguirá mandando por un buen rato.

El ADN morado existe, otros equipos lo andan buscando, el balón se resiste a entrar al marco.

Costa Rica tendrá nuevo aliado tecnológico para la investigación clínica de enfermedades complejas

Comunicado de Prensa

  • Ultrasecuenciador generará nuevo conocimiento para contrarrestar padecimientos de difícil tratamiento y alta mortalidad
  • Contribución UCR irá de la mano con la bioinformática y la biocomputación molecular en el análisis masivo de ADN

costa-rica-tendra-nuevo-aliado-tecnologico
Este es el ultrasecuenciador, que permitirá identificar cuáles genes en el ADN contribuyen en el desarrollo de enfermedades complejas como el cáncer (foto Karla Richmond).

Estudiar a profundidad las mutaciones genéticas que inciden en el desarrollo de enfermedades complejas como el cáncer y la muerte súbita, será posible mediante un nuevo equipo tecnológico de última generación, que le permitirá al Centro de Investigación en Hematología y Trastornos Afines (CIHATA) de la Universidad de Costa Rica (UCR), generar nuevo conocimiento que contribuya a entender mejor este tipo de patologías de difícil tratamiento y de alta mortalidad en el país.

Se trata de un ultrasecuenciador, también conocido por el nombre de secuenciador de nueva generación (NGS), que tiene la capacidad de procesar y analizar secuencias masivas de ADN de una manera más rápida y eficiente que el método tradicional, con el fin de hallar las variantes en el genoma humano que inciden en la aparición de diversas enfermedades, y así aportar nuevos insumos que sirvan para contrarrestar esos padecimientos.

El equipo es el primero en Centroamérica y el Caribe ubicado en un centro hospitalario que se destinará a la investigación clínica, y que trabajará de la mano con la bioinformática, plataforma tecnológica encargada de recibir, almacenar y gestionar datos de carácter biológico, mediante novedosas técnicas de procesamiento que aseguren una adecuada interpretación y respaldo de la información genómica.

En total, cerca de 120 mil dólares fueron invertidos en la compra del nuevo procesador genético por medio de los fondos de Rectoría, que la UCR distribuye cada año en la compra de equipos de punta que apoyen el avance y el desarrollo científico de Costa Rica al servicio de la salud pública nacional.

De acuerdo con el Dr. Ricardo Chinchilla Monge, investigador del CIHATA, el ultrasecuenciador es una tecnología reciente con aproximadamente diez años de inicio a nivel mundial, lo que contribuye a que el país esté en la vanguardia de los últimos avances tecnológicos, y posea las mejores herramientas para afrontar patologías de alta complejidad.

“Se busca empezar a investigar el funcionamiento de distintos procesos biológicos de las enfermedades en relación con la genética de la población costarricense. Los genes, cuando presentan variantes, pueden provocar un desbalance funcional en el organismo. Por esa razón, es necesario analizar cuáles genes fomentan la aparición de enfermedades que causan gran cantidad de muertes al año como el cáncer, y generar información que impulse tratamientos personalizados para el paciente” indicó el Dr. Chinchilla.

Los estudios se realizarán en conjunto con la Caja Costarricense del Seguro Social (CCSS), específicamente, en el Hospital San Juan de Dios, donde el Centro tiene sus instalaciones.

costa-rica-tendra-nuevo-aliado-tecnologico2
La UCR cuenta con el primer ultrasecuenciador molecular interconectado a un clúster informático de Costa Rica y Centroamérica, a cargo del bioinformático Allan Orozco. Foto Karla Richmond.

Unido con la bioinformática

El ultrasecuenciador estará interconectado con un moderno clúster bioinformático. Ese sistema, junto con un programa analizador de variantes genómicas construido en el país, permitirá que se realicen comparaciones entre una variante detectada en el secuenciador, con otra variante registrada previamente en los sistemas biocomputacionales, lo que previene el colapso de almacenamiento que sufriría un sistema de cómputo tradicional, y hasta el mismo ultrasecuenciador, debido a sus capacidades limitadas para guardar y gestionar datos masivos a largo plazo.

Según el Dr. Allan Orozco Solano, bioinformático a cargo, el clúster con el que cuenta el CIHATA une conocimientos avanzados en biotecnología, genómica y nanotecnología, adaptados en la lectura de las variantes específicas del ADN humano.

“El análisis de secuencia masiva es imposible hacerlo sin bioinformática. A través de este soporte se puede leer los genes masivos con alta precisión. El clúster cuenta con microchips, dispositivos nanotecnológicos, que hacen las lecturas de la bases del ADN rápidamente, con mayor exactitud individual, y luego almacenados en archivos FastQ, que son formatos más fáciles de manipular” afirmó el Dr. Orozco.

Con estos nuevos aportes, el país da su primer paso para migrar del método tradicional Sanger, creado en 1975, a una técnica de análisis con mejoras considerables en calidad, costo, rapidez, precisión, y profundidad investigativa.

Trabajo conjunto

Chinchilla manifestó que ahora el CIHATA centrará sus primeras investigaciones en el cáncer de mama, por ser la primera causa de muerte en mujeres en comparación con otros tipos de cáncer, y en la cardiopatía asociada con la muerte súbita, donde los pacientes tienen un corazón más grande que les impide un correcto funcionamiento de su organismo.

Con la unión hospital-academia, el Centro podrá contar con insumos de primera mano, acordes a los permisos bioéticos requeridos, mientras aporta nuevo conocimiento científico que impulse el bienestar de la salud de los costarricenses.

 

Periodista Jenniffer Jiménez Córdoba.

Oficina de Divulgación e Información

Universidad de Costa Rica (ODI-UCR)

 

 

Información enviada a SURCOS Digital por Lic. Otto Salas Murillo, Periodista Oficina de Divulgación e Información, UCR.

Suscríbase a SURCOS Digital:

https://surcosdigital.com/suscribirse/

 

¿Seres humanos sintéticos?

Silvia Ribeiro*

 

El 10 de mayo de 2016, Día de la Madre, una reunión secreta de 150 científicos, abogados y empresarios en la Universidad de Harvard comenzó a considerar la creación de un genoma humano totalmente sintético, un ser humano sin madre ni padre.

La construcción se haría a partir de los químicos esenciales que componen el ADN (citosina, guanina, timina, adenina o C,G,T,A) y computadoras que sintetizan secuencias genéticas usando como programa la información de mapas genómicos, muchos de los cuales están en Internet. El proceso no es tan simple como podría parecer, pero los medios técnicos avanzan rápidamente. Los que llamaron a la reunión –que no iba a ser conocida por público ni prensa– afirmaban en su convocatoria que es necesario crear un ambiente de competencia, un gran desafío, para captar fondos de inversionistas privados y públicos y acelerar el desarrollo de las tecnologías que harían posible esta construcción.

La reunión se volvió noticia porque uno de los invitados –Drew Endy, profesor de bioingeniería en la Universidad de Stanford y co-fundador de la compañía Gen9 Inc, que construye y vende secuencias genéticas– consideró que el tema era demasiado relevante a toda la sociedad para discutirlo en reunión secreta y con intereses comerciales.

En la nota que Endy difundió con Laurie Zoloth, profesora de bioética, señalan que originalmente los organizadores proponían discutir los resultados que se pueden obtener y el involucramiento de la industria, con una meta primaria de sintetizar un genoma humano completo en un periodo de 10 años.

Esto se haría con un método similar al que utilizó el equipo de Craig Venter, que un mes atrás anunció la creación completa y funcional, desde cero, del genoma de un bacteria, la más pequeña que pudo usar. Aun así, el proceso le llevó varios años y muchos intentos. (La Jornada, 2/4/16 http://goo.gl/YCRqKJ).

El ritmo del desarrollo de la biología sintética, según sus promotores, se mueve a un ritmo cinco veces mayor que la Ley de Moore, básicamente doblando sus capacidades y reduciendo sus costos a la mitad cada cuatro meses. Según explica Endy, el costo de ensamblar sintéticamente material genético bajó de cuatro dólares por par de bases o letras del ADN en 2003, a tres centavos de dólar. El precio estimado de sintetizar los 3 mil millones de pares de bases del ADN humano bajó de 12 mil millones a 90 millones de dólares. Si siguiera ese ritmo, el costo se reduciría en unos 20 años a 100 mil dólares. Sin embargo, afirma Endy, esta reducción de costo podría no suceder si no existe una gran demanda.

La pregunta es ¿qué significa aumentar la demanda en este caso? ¿Promover la construcción en serie de genomas humanos sintéticos? ¿Por ejemplo, robots vivos para soldados, sirvientes, trabajadores, repuestos vivientes de órganos, que sean lo más barato posible? La perspectiva es aterradora y tiene tantas implicaciones que hasta es difícil imaginar los escenarios. Pero definitivamente no podemos cerrar los ojos, porque la idea está en marcha.

Endy y Zoloth proponen que este tipo de iniciativa debería ser discutida abiertamente en un amplio debate social que incluya desde los más críticos a sus proponentes, ya que se trata de manipular nuestra propia especie. Pero pese a su disenso, la reunión se realizó y el interés comercial no es poco.

Una nota en The New York Times(http:/nyti.ms/24QgY4o) reveló que entre los organizadores está George Church, de la Escuela Médica de Harvard, promotor de la biología sintética, la edición genómica y otras nuevas biotecnologías. Hace unos meses llamó a una moratoria en el uso de estas técnicas para modificar embriones humanos, luego de que un equipo de científicos chinos publicara su experimento con la técnica CRISPR/Cas9 en éstos.

Pese a esta aparente actitud supuestamente precautoria, David King, de Human Genetics Alert del Reino Unido, señaló que pedir una moratoria cuando existe la prohibición en 40 países de modificar genéticamente embriones humanos, fue en realidad un retroceso, irónicamente disfrazado de aparente cautela.

Luego de que la reunión en Harvard saliera a la luz –era secreta porque se le pidió a los invitados no mencionar nada sobre su realización o contenido– los organizadores cambiaron la descripción del proyecto. Inicialmente se llamaba HGP2 (Proyecto Genoma Humano 2, por sus siglas en inglés), Proyecto de Síntesis del Genoma Humano, con acento en que no se trata de leer sino escribir el genoma humano. Ahora lo cambiaron a HGP-Escritura: Prueba de genomas sintéticos grandes en células.

Coincidentemente, el mismo día de la reunión, la Unión de Científicos Comprometidos con la Sociedad y la Naturaleza en América Latina (UCCSNAL) publicó una carta abierta sobre nuevas biotecnologías donde declaran: “No pedimos para estas tecnologías la aplicación de normas de bioseguridad ni el desarrollo de estrictas evaluaciones de riesgo, sino la suspensión de toda la experimentación en este campo. Cuestionamos el exagerado rol que se da a ‘la ciencia’ y al sistema científico tecnológico en el proceso de toma de decisiones relacionado con la adopción de nuevas tecnologías, pues sabemos que la investigación científica encarna las mismas relaciones de poder que se dan en la sociedad, y que las principales líneas de investigación son decididas por quienes las auspician y financian.” (http://goo.gl/LHkAaH). Esta actitud por una Ciencia Digna, como la llama UCCSNAL, es esencial ante el rápido desarrollo de estas poderosas tecnologías, así como involucrarnos desde toda la sociedad para impedir que unos pocos y su voracidad de lucro manipulen hasta nuestra propia especie.

*Investigadora del Grupo ETC

 

*Imagen con fines ilustrativos.

Enviado a SURCOS Digital por Mario Cabrera.

Suscríbase a SURCOS Digital:

https://surcosdigital.com/suscribirse/

Con nuevo laboratorio la UCR hará análisis genético de organismos acuáticos

Laboratorio marca una nueva etapa de investigación en el Cimar

Con nuevo laboratorio la UCR hará análisis genético de organismos acuáticos
La UCR realizará análisis genético de los organismos acuáticos gracias al nuevo laboratorio que se inauguró el 24 de julio en el Centro de Investigación en Ciencias del Mar y Limnología. La investigadora Cindy Fernández fue una de las promotoras del proyecto (foto Anel Kenjekeeva).

Patricia Blanco Picado,

Periodista Oficina de Divulgación e Información

 

El Centro de Investigación en Ciencias del Mar y Limnología (Cimar) de la Universidad de Costa Rica (UCR) cuenta ahora con un Laboratorio de Genética y Biología Celular de Organismos Acuáticos, que les permitirá a los investigadores analizar el ADN de los organismos marinos y de agua dulce para su identificación y delimitación.

La UCR invirtió alrededor de $200.000 en la instalación del nuevo laboratorio, que está equipado con lo último en tecnología para realizar estudios aplicando nuevas técnicas e incursionar en nuevas líneas de investigación.

El Dr. Álvaro Morales Ramírez, director del Cimar, señaló que el desarrollo tecnológico y el conocimiento de la genética y de la biología molecular ofrecen información relevante para la toma de decisiones en el manejo y conservación de poblaciones acuáticas.

Destacó la aplicación en campos como la biogeografía, la genética de la conservación, la ecología marina microbiana, la genética pesquera y la genética forense.

Con nuevo laboratorio la UCR hará análisis genético de organismos acuáticos2
La Vicerrectora de Investigación, Dra. Alice Pérez y el director del Cimar, Dr. Álvaro Morales, cortaron la cinta de inauguración del nuevo Laboratorio de Biología Molecular y Genética de Organismos Acuáticos (foto Anel Kenjekeeva).

En esta última área de investigación es de suma importancia el análisis de ADN para resolver problemas asociados al tráfico de recursos marinos, tales como el aleteo de tiburones, ya que mediante técnicas moleculares es posible comparar organismos o partes de su cuerpo.

Las biólogas Cindy Fernández García y Yolanda Camacho García, investigadoras del Cimar, fueron las encargadas de echar a andar el proyecto. Ambas tienen experiencia en técnicas moleculares, que aplicaron en sus estudios de doctorado en universidades de Estados Unidos y Bélgica.

Para la Dra. Fernández el laboratorio es una herramienta muy útil y necesaria para acompañar los proyectos que ya han estado desarrollando en la UCR. “Nos aligera mucho la carga y sobre todo nos permite hacer algunos análisis que toman mucho más tiempo si se hacen a pie”, comentó.

La especialista explicó que con los nuevos equipos se podrá hacer investigación de la misma manera como se realiza en los países más desarrollados y con resultados igualmente de “primer mundo”.

Con nuevo laboratorio la UCR hará análisis genético de organismos acuáticos3
La Dra. Yolanda Camacho, investigadora del Cimar, expresó que el nuevo laboratorio responde a la tendencia mundial de clasificar genéticamente la diversidad acuática, en un mundo donde las especies están siendo amenazadas y desaparecen a un ritmo acelerado (foto Anel Kenjekeeva).

Actualmente, el Cimar tiene ocho proyectos inscritos en la Vicerrectoría de Investigación, sobre macroalgas, moluscos, insectos acuáticos, crustáceos y microalgas. La siguiente meta será ampliar estos grupos taxonómicos.

La Dra. Camacho expresó que un grupo de investigadores sintieron la necesidad de contar con un laboratorio molecular enfocado en el estudio de organismos acuáticos, para tener acceso a la información genética de las especies y poder responder a preguntas de historia natural, evolución, ecología, biogeografía y sistemática.

“Esta necesidad responde también a la tendencia mundial de clasificar genéticamente la diversidad acuática, en un mundo donde las especies están siendo amenazadas continuamente y están desapareciendo a un ritmo acelerado”, indicó.

Por su parte, la Vicerrectora de Investigación, Dra. Alice Pérez Sánchez, destacó que luego de 35 años de trabajo del Cimar, el laboratorio marca una nueva etapa en sus investigaciones marinas.

Pérez justificó la inversión realizada por la UCR en la adquisición de los equipos, que vendrán a apoyar nuevas ideas, nuevas generaciones de investigadores y a ayudar a entender la diversidad, la conservación y “a entendernos como país”.

 

Información tomada de: http://www.ucr.ac.cr/

Suscríbase a SURCOS Digital:

https://surcosdigital.com/suscribirse/