Costa Rica posee una variante casi exclusiva del SARS-CoV-2 que aumenta su presencia en el país
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El Dr. José A. Molina-Mora, de la Facultad de Microbiología de la UCR, explica los detalles y comparte su posición sobre la variante de Londres
Miércoles 27 de enero de 2021. En diciembre de 2020, once científicos de la Facultad de Microbiología de la Universidad de Costa Rica (UCR) y del Instituto Costarricense de Investigación y Enseñanza en Nutrición y Salud (Inciensa) le dieron a la comunidad científica internacional un reporte inédito: en Costa Rica existe una variante del SARS-CoV-2 que aumentó su presencia y que sobrepasó el estándar mundial.
Su nombre es T1117I y se ubica en la espícula (corona) del virus. Si bien esta mutación no hace al virus más letal, contagioso o agresivo, en el reporte de diciembre de 2020 (que analizó los casos de marzo a agosto) y el de enero de 2021 (que añade los casos de septiembre, octubre y noviembre), han ocurrido varios cambios.
Uno de ellos está en la cantidad reportada. En el reporte de diciembre de 2020, la variante T1117I registraba una presencia del 14,5 % en los 138 casos estudiados. Ahora, el reporte de enero de 2021 muestra que esa cifra aumentó a un 29.2 % con los 47 nuevos genomas secuenciados. Este dato supera, y por mucho, la frecuencia internacional que no llega ni al 1 %.
De acuerdo con la base de datos internacional GISAID, una plataforma que promueve la rápida distribución de información relacionada con virus (entre ellos el SARS-CoV-2), Nueva Zelanda, Australia y Bangladesh ya tienen la variante. Sin embargo, al 26 de enero de 2021, las tres naciones han contabilizado menos de dos casos.
Los otros países que también han hecho reportes de la T1117I, pero con casos mínimos, son Chile y Sudáfrica. Pocos países, incluido Costa Rica, han hecho público la existencia de la mutación.
Ahora bien, la pregunta es ¿por qué? ¿Qué posee Costa Rica que no tienen los demás países para tener una variación del virus que incrementa su presencia en el país, cuando en otras naciones no aumentó?, ¿podría esta variante poner en peligro la eficacia de la vacuna?
Para contestar esa interrogante recurrimos nuevamente al Dr. José Arturo Molina Mora, microbiólogo bioinformático del Centro de Investigación en Enfermedades Tropicales (CIET-UCR), de la Facultad de Microbiología, y coordinador del proyecto de análisis genómico del virus desde la UCR.
A continuación, les enviamos un resumen de la entrevista que usted podrá consultar de forma completa en https://www.ucr.ac.cr/noticias/2021/01/26/costa-rica-posee-una-variante-casi-exclusiva-del-sars-cov-2-que-aumenta-su-presencia-en-el-pais.html
- ¿Cuántas variantes, en general, han logrado encontrar hasta hoy?
José Molina Mora (JMM): “En la última entrevista le dije que habíamos descrito hasta 15 mutaciones por genoma y que esas mutaciones también se reportaban en el mundo. Al día de hoy, nosotros ya hemos detectado hasta 22 mutaciones por genoma, para un total de 283 diferentes mutaciones en todos los genomas que hemos analizado en conjunto.
Al igual que la vez anterior, no tenemos ninguna asociación de los genomas virales o tipos de virus con la mortalidad. En otras palabras, independientemente de la variante con la que se tenga la infección, por el momento es igual de probable fallecer (o no) por la enfermedad que genera el virus”.
- En relación con esta nueva variante, la T1117I de la espícula, ¿cuándo se dieron cuenta de que la teníamos en Costa Rica?
JMM: “En diciembre de 2020 nos dimos cuenta de la T1117I. Cuando se está haciendo el estudio, uno va mutación por mutación para analizar cuál podría ser el efecto. Al encontrar esa variante yo dije: ‘¿qué?, ¡espere un momento!’, y empecé a indagar más.
En el reporte de diciembre, que analizó el periodo marzo-agosto, decíamos que la T1117I en Costa Rica tenía una frecuencia del 14 % en agosto, mientras que en el mundo esa mutación no subía del 1 %, y que es muy escasamente reportada por otros países.
En el gráfico del GISAID vemos que esta variación es muy predominante en Costa Rica. Hay algunos pocos casos en Colombia, y muy pocos en Malasia y Australia.
A enero de 2020 actualizamos la información con genomas obtenidos de casos hasta noviembre y vemos un 29 % de frecuencia en dicha mutación en Costa Rica. Es decir, ya se duplicó en nuestro país en tan solo tres meses.
- Entonces, ¿se podría considerar esta variante, la T1117I, como la más frecuente de Costa Rica?
JMM: “No es la más frecuente, pero es la que está aumentando más con respecto a su histórico. Veamos el caso de la variante D614G de la espícula. Al inicio la teníamos en un 95 %, luego 98 % y ahora al 99 %.
Esos porcentajes reflejan que la variante D614G siempre ha sido muy alta y superior al 90 % de las secuencias. Pero esta, la T1117I de la espícula, antes estaba en cero y se mantuvo así por varios meses hasta mayo. Ahora, está aumentando.
Si llega la variante de Londres, por citar un caso, es esperable que suceda un aumento, parecido al que se ha reportado en Inglaterra y Estados Unidos, porque se sugiere que tiene mayor transmisión.
Lo importante aquí es que nosotros estudiamos detalladamente la variante T1117I de la espícula de primero en el mundo ante la comunidad científica. Aunque no tuvimos el primer caso, si hicimos el primer reporte con un incremento sostenido a niveles no observados en ningún otro país. El primer caso estuvo en Alemania”.
- ¿Y ya se sabe qué fue lo que propició el origen de esa mutación en Costa Rica?
JMM: “No. Hay muchas hipótesis. Como el primer caso reportado fue en Alemania, una opción es que alguna persona alemana llegara a Costa Rica y trajera esa mutación. Esa podría ser una explicación.
Otra es que pudo haberse originado completamente en Costa Rica a parte de Alemania, Australia y Malasia. Los escenarios son muy complejos.
Lo que sí sabemos es que los genomas que circulan en el país son producto de múltiples introducciones. Una vez me preguntaron, ¿entonces la culpa de que el COVID-19 lo tengamos en Costa Rica es del primer extranjero infectado que vino al país? La verdad no. Él fue un caso, pero hay muchos reportes más de personas que lo trajeron de otros países, incluidos costarricenses.
Al igual que los demás países del mundo, los genomas que circulan son producto de múltiples introducciones de personas de varias naciones”.
- Hay un término bastante técnico en el artículo científico que me parece importante rescatar aquí en palabras sencillas, y es el de la oligomerización viral. Este término hace referencia a la forma final que tendrá el virus ¿Acaso la T1117I influye de alguna forma a esa conformación final del SARS-CoV-2?
JMM: “Para explicar de forma sencilla sobre la oligomerización, digamos que usted compra una silla plegable. Usted tiene que armar la silla, acomodarla, abrirla y ponerle tapones. Esa silla, para usted poder armarla, tiene unas instrucciones que le ayudarán a tener una conformación final.
Para verlo desde el virus, sería lo siguiente. Si yo le digo: ‘constrúyame una cama’, pero hay una mutación de una M por una S, en vez de ‘cama’ usted leerá ‘casa’. Esa simple letra (mutación) generará un impacto grandísimo. Usted me dará una casa y no la cama.
También, la letra C puede mutar a una K. En tal caso, se leería ‘Kama’, que si bien está mal escrita con K, se sigue entendiendo que es una cama y no hay un verdadero efecto en el mensaje. Esto es lo que podría pasar con la T1117I.
La variante podría generar una conformación final ligeramente diferente de la espícula del SARS-CoV-2, pero que no propició cambios significativos en el comportamiento del virus”.
- Eso explicaría por qué esta variante no convierte al virus en una versión más agresiva, letal o contagiosa. ¿Estoy en lo correcto?
JMM: “Sí. El material genético trae las instrucciones de cómo el virus va a ensamblar su espícula (esos picos que tiene en forma de corona y que es su llave para entrar a la célula humana). La oligomerización le da a la proteína del virus su forma final y la capacidad para interactuar con la célula humana.
Si nos enfocamos en la mutación T1117I, al ubicarse tan abajo, los análisis bioinformáticos nos predicen que es muy probable que no tenga mayor efecto en cómo actúa la molécula con la célula humana. Por lo tanto, no debería afectar ningún cambio en la presentación de la enfermedad”.
- ¿Tampoco en la vacuna?
JMM: “Tampoco. Si esta mutación estuviera cerca de los sitios donde se reconocen los anticuerpos, ahí sí sería preocupante porque pondría en riesgo la eficacia de las vacunas. Pero este no es el caso. La mutación, al estar tan lejos, no debería afectar la vacuna.
- ¿Y qué podríamos tener de especial las y los costarricenses para poseer una variación del virus que incrementa su presencia en el país, cuando en otras naciones que reportaron la misma variante no tuvieron aumentos significativos?
JMM: “Podría ser algo casual y de comportamiento social, pero también la genética de cada población podría determinar la infección y los factores de fondo. Por ejemplo, ¿por qué la ACE2 (el receptor de la célula humana que le permite al virus la entrada) es tan importante cuando hablamos de pacientes con hipertensión arterial?
Porque hay una serie de tratamientos para la presión arterial que pueden aumentar la cantidad de receptores ACE2 en las células, dependiendo del tipo (alelo) de ACE2 que se tenga.
Entonces, por decirlo así, la persona tiene más puertas para que el virus se pegue y entre. Esto podría tener efectos en la cantidad de virus que se produce o incluso en severidad. Una persona con hipertensión arterial con ciertos tratamientos favorece la producción de estas moléculas ACE2. Es una hipótesis que se maneja incluso para explicar por qué los niños no se enferman como los adultos.
En una población con una alta prevalencia de hipertensión arterial, como el caso de Costa Rica, podría ser una de las razones que influya en el aumento de la transmisión y favorecer así a esta variante. En Costa Rica no se están haciendo estudios de esta índole, entonces es solo una hipótesis”.
- Finalmente, Dr. Molina, ¿qué puede esperar la población costarricense en los próximos meses?
JMM: “Lo más importante de esto, que aplica para la mutación de Costa Rica y Londres, es que por el momento ninguna de las mutaciones ha reportando un cambio en la forma en cómo va a dar la enfermedad.
El COVID-19 sigue dependiendo de los factores de riesgo. Hay que seguir tomando las medidas. También, que indistintamente si a mí me va a llegar la versión GH, GR o G del virus, debemos prevenir la infección desde el punto de vista individual y colectivo, en especial las personas de alto riesgo.
Nosotros desde la UCR y el Inciensa, vamos a seguir detectando mutaciones, pero esto seguramente no nos va a cambiar las normas para controlar el virus.
Ahora bien, desde el punto de vista de su frecuencia, es probable que la variante siga aumentando. Es completamente esperable tener otras mutaciones que aumenten y que alguna mutación, o su acúmulo, genere un cambio. A largo plazo se espera que las variantes atenúen el virus, pero eso no quita que pueda aparecer alguna mutación que complique la transmisión, severidad o tratamientos”.
Foto: Dr. José Molina Mora. Microbiólogo bioinformativo. Facultad de Microbiología, UCR. Foto: Laura Rodríguez, UCR.
