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Etiqueta: bioinformática

Científicos UCR investigan células que alertarían riesgo de cáncer antes de su aparición

  • Enfoque está en el cáncer gástrico y para su estudio la Universidad de Costa Rica usará la fluorescencia
Cientificos UCR investigan celulas que alertarian riesgo de cancer antes de su aparicion
Con el nuevo conocimiento que se derive de la investigación, Costa Rica podrá impulsar mejores procesos diagnósticos y tratamientos más innovadores que den la posibilidad de atacar la enfermedad antes de que avance en la persona. – foto Laura Rodríguez Rodríguez.

Expertos del Instituto de Investigaciones en Salud (Inisa) de la Universidad de Costa Rica (UCR) están iniciando una nueva investigación enfocada en cómo evoluciona el cáncer gástrico desde sus mecanismos biológicos más básicos. Para lograrlo, crearán un innovador sensor fluorescente que permitirá descubrir qué señales da el tejido gastrointestinal antes de desarrollar la enfermedad.

De acuerdo con la Dra. Silvia Molina, investigadora a cargo del proyecto, el conocimiento que se genere dará la posibilidad de entender mejor la biología tumoral y hallar posibles moléculas cómplices las cuales, incluso, podrían funcionar en un futuro como potenciales marcadores genéticos que indiquen el riesgo de cáncer. Esto será clave para evitar que el trastorno progrese en el paciente, así como impulsar mejores tratamientos y métodos diagnósticos.

Para realizar el estudio, los investigadores utilizarán una línea celular conocida como MKN-74. Estas células humanas se multiplicarán artificialmente en el laboratorio del Inisa-UCR. Luego se infectarán con la bacteria Helicobacter pylori, microorganismo que constituye el principal factor de riesgo de cáncer gástrico.

La Dra. Molina explicó que cuando la H. pylori llega al cuerpo humano, generalmente por transmisión intrafamiliar vía oral (de madre a hijo), libera sustancias que le permite sobrevivir a la alta acidez estomacal que tiene el organismo como defensa ante agentes infecciosos. Dicha respuesta inmune del patógeno provoca inflamaciones en el estómago que derivan en pequeñas alteraciones causantes de gastritis.

Con el tiempo, la bacteria generará lesiones irreversibles que transformarán el tejido gástrico en metaplasia -modificación del revestimiento interno del estómago-, y luego evolucionará a una displasia -alteración del crecimiento celular-, para concluir en un cáncer. Según la especialista, es en esta última etapa en la que se suele diagnosticar el padecimiento.

Actualmente, el cáncer gástrico se posiciona como una de las enfermedades más agresivas en el país y la segunda causa de muerte, según datos del Ministerio de Salud, con más de 1900 fallecimientos registrados en los últimos cuatro años.

“El cáncer gástrico no es un cáncer que aparece de un día para otro, sino que se desarrolla en un periodo largo. Primero, como lesiones precancerosas que, si se detienen en ese momento, ya no siguen avanzado hacia el cáncer. Entonces, lo que queremos es entender qué es lo que hace esa bacteria para que la gastritis pase a ser metaplasia, displasia y luego cáncer”, manifestó.

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En la fotografía se pueden apreciar células fluorescentes. En el caso de la UCR, el Inisa usará una línea celular donada por la Universidad de Bordeaux, Francia, ente donde la Dra. Molina logró su doctorado.

Metodología luminosa

Lo primero que harán los expertos es infectar las células de MKN-74 con Helicobacter pylori. Posteriormente, se bloqueará una proteína para determinar su rol en la respuesta inflamatoria inducida por la infección.

La respuesta que origine se analizará con la ayuda de un innovador sensor fluorescente que los científicos de la UCR están desarrollando. A través de una vía de señalización luminosa, el equipo sabrá si la H. pylori aumenta o no su defensa, y la información que se obtenga será crucial para comprender mejor cómo se comporta el cáncer a partir de sus bases moleculares -estructura básica-.

“Lo que vamos a hacer es bloquear distintas proteínas y ver, a través del microscopio, si esto influye en la activación de vías de señalización asociadas con la inflamación. Si fuese el caso, el sensor va a emitir luz o fluorescencia; es decir, las células con actividad inflamatoria van a brillar y eso nos va a indicar si el bloqueo de la enzima incentiva la vía de inflamación o, al contrario, lo obstaculiza”, indicó la Dra. Molina.

El bloqueo de las proteínas se hará con químicos, o ARN de interferencia, en diferentes niveles para hallar cuáles vías se podrían o no activar y en qué puntos específicos actúa la bacteria.

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El actual estudio se desprende de una investigación previa realizada por la Dra. Molina en la Universidad de Bordeaux, Francia, lugar donde halló un primer indicio de respuesta inmune de inflamación. Este descubrimiento se profundizará ahora en Costa Rica. – foto Laura Rodríguez Rodríguez.

Innovación en proceso

El proyecto usará una aliada fundamental en el análisis masivo de ADN: la bioinformática. Esta herramienta estará orientada a diseñar la secuencia de ADN requerida y ver las interacciones en la computadora para modelar la estructura final del sensor fluorescente, con el objetivo de lograr una expresión estable en la línea celular que asegure la fiabilidad y calidad de los resultados.

Ese proceso se hará antes de elaborar físicamente el sensor y, cuando esté listo, el artefacto incluso podrá usarse en otras investigaciones.

“Con la bioinformática estaremos más seguros de que el diseño esté correcto para que todos los procesos de bloqueo, fluorescencia y activación de la inflamación se ejecuten de la manera esperada. Todo el diseño se hará por computadora y, una vez que se tenga, se enviará para su elaboración. En el momento en que la empresa proveedora nos entregue el sensor, nosotros lo aplicaremos a las células para, ahora sí, estudiar la señalización de la bacteria”, indicó.

En el proyecto de investigación se contará con el apoyo del Dr. Jorge Arias Arias de la Facultad de Microbiología, de los científicos encargados del Programa de Epidemiología del Cáncer del Inisa-UCR, la Dra. Vanesa Ramírez Mayorga, el Dr. Allan Une Clas y la M.Sc. Wendy Malespín Bendaña, con la colaboración del Dr. Warner Alpízar Alpízar y la Dra. Lucía Figueroa Protti, del Centro de Investigación en Estructuras Microscópicas (Ciemic-UCR).

La iniciativa es financiada por los fondos del sistema del Consejo Nacional de Rectores (CONARE) por un monto de 7 500 000 colones, para un periodo de tres años que comienza en el 2018.

 

Jenniffer Jiménez Córdoba

Periodista Oficina de Divulgación e Información.

 

Información tomada de: http://www.ucr.ac.cr/

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UCR: Ingenio tico en herramienta bioinformática contra el cáncer sobresale en Oxford

  • Aplicación permitirá estudiar las variantes genómicas de enfermedades de alta mortalidad
UCR Ingenio tico en herramienta bioinformatica contra el cancer sobresale en Oxford
Al día de hoy, la herramienta es utilizada principalmente en centros de Estados Unidos, seguido por Costa Rica, Reino Unido, España, China y Japón. – foto Karla Richmond, UCR.

La prestigiosa revista Bioinformatics de la Universidad de Oxford, Inglaterra, que se caracteriza por difundir únicamente los trabajos de mayor impacto en bioinformática del mundo, publicó por primera vez un estudio desarrollado por cuatro investigadores costarricenses. Ellos dieron vida a VizGVar, una herramienta web que ayuda a descubrir las causas moleculares de una de las enfermedades de mayor mortalidad a nivel mundial: el cáncer.

La función de la aplicación es encontrar patrones de variación genética en una base de datos genómicos masiva, a fin de rastrear las alteraciones que ocasionan el padecimiento. Y, aunque el cáncer es la prioridad, no es la única enfermedad que podrá ser analizada mediante VizGVar.

La aplicación también puede identificar el origen y las causas de otras enfermedades mortales como la diabetes y las neurodegenerativas, entre ellas el Alzheimer. El propósito final es favorecer el tratamiento médico oportuno y efectivo que mejore potencialmente la calidad de vida del paciente.

La aplicación también impactará el área farmacogenómica, cuya función es estudiar el perfil de expresión de las personas y su efecto en la metabolización de los fármacos. Su finalidad es que el paciente alcance una mejor asimilación del medicamento, que podría no darse si hay presencia de alteraciones genéticas.

El sistema bioinformático es único en el mundo y fue creado con la asesoría del Dr. Allan Orozco Solano, investigador de la Escuela de Tecnologías en Salud de la Universidad de Costa Rica (UCR).

El Dr. Orozco guió el trabajo en conjunto con investigadores de Ingeniería en Diseño Industrial del Instituto Tecnológico de Costa Rica (TEC), Verónica Alfaro Arias y Antonio Solano Román, en colaboración con el especialista de Internet del Cenfotec, Carlos Cruz, quienes en grupo consolidaron el trabajo a inicios del 2017.

De acuerdo con Orozco, la publicación en Bioinformatics da un impulso pionero que posiciona la capacidad de Costa Rica en el desarrollo de tecnologías bioinformáticas, en este caso, dirigidas a mejorar la calidad de vida de la población. La publicación abre un nuevo espacio para que científicos lleven a cabo aplicaciones mejoradas que den la posibilidad de impactar otros campos de la salud.

El 99,5% de la información genética de cada persona es idéntica en la especie humana. Sin embargo, hay un 0,5 % distinto por variaciones genéticas. El software estudia dichas alteraciones que podrían estar relacionadas con padecimientos.

“El sistema permite visualizar de una forma original y única las variantes en el genoma humano ligado a más de 120 mil estructuras genéticas. La aplicación trabaja con tres bases de datos genómicos. La Ensembl del European Bioinformatics Institute (EBI) de Inglaterra, Cosmic del Instituto Sanger y la PharmGKB de la Universidad de Stanford en los Estados Unidos. Esto nos da la oportunidad de usar nuevas posibilidades de interacción para la conducción de investigaciones en salud. Además, permite que otros profesionales lo tomen como base para hacer sus propias tecnologías modificadas”, afirmó.

La innovación es la primera en agrupar los patrones de variaciones en circuitos lineales biológicos. Esto quiere decir que se generan rutas visuales que marcan un punto de inicio y otro final con referencia hacia el genoma humano. Esto facilita el procesamiento e interpretación de los datos, y una mejor forma de visualizar la información mediante una interfaz rápida e intuitiva.

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Ellos son Antonio Solano Román, Verónica Alfaro Arias y Carlos Cruz quienes, en compañía de Orozco, crearon la herramienta que se sostiene por JavaScript, un lenguaje informático que es el que finalmente otorga la visualización de los datos. -Foto cortesía de Orozco – foto Karla Richmond, UCR.

Un camino de éxito

La herramienta VizGVar ya había sido reconocida por el EBI anteriormente. Este instituto la consideró en una de sus evaluaciones de impacto europeo realizadas en el 2016, como uno de los software de mejoramiento más innovadores al sistema actual de variantes genómicas que usa la prestigiosa herramienta Ensembl.

Sin embargo, llegar a culminar este avance científico llevó tiempo. Orozco explicó que se tuvieron que crear tres categorías de separación. De igual forma, se necesitó diseñar un algoritmo que asignara colores según el tipo de variación y cálculos para conectar la alteración encontrada con los aminoácidos implicados, los cuales son la base de todo proceso vital en el ser humano. En total, se requirieron dos años para concretar el proceso con éxito.

“Las publicaciones en Oxford y en la EBI reflejan que Costa Rica está haciendo bien las cosas en el desarrollo de tecnologías bioinformáticas que no son solo para el país, sino también de uso internacional. El sistema garantiza la integridad de los datos y proporciona la posibilidad de descarga de versiones de secuencias genéticas más recientes. Esto coloca a Costa Rica como embajadora en bioinformática”, indicó Orozco.

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La investigación lleva por nombre: “Portal de visualización de variaciones genéticas (VizGVar): Una herramienta para la visualización de interacciones de SNPs y mutaciones somáticas en exones, genes y dominio de proteínas”.

VizGVar también funciona en el Centro de Investigación en Hematología y Trastornos Afines (Cihata) de la UCR ubicado en el Hospital San Juan de Dios, a través del cluster NELLY (anteriormente localizado en el Centro de Informática de la UCR). Por medio del software, el Cihata realiza comparaciones entre una variante detectada en un ultrasecuenciador de última generación (aparato que procesa y analiza secuencias masivas de ADN), con otra registrada previamente en sistemas y bases de datos computacionales.

Lo anterior constituye un avance importante en la medicina de precisión a nivel nacional. Ahora, con el desarrollo de esta tecnología, se espera un mayor uso internacional y la realimentación que permita la mejora continua de la herramienta.

Orozco señaló que la modificación a usos de la secuenciación masiva es uno de los cambios más importantes que se le puede hacer al sistema posteriormente. Así mismo, se desea usar pronto el formato de archivo Variant Call (VCF por sus siglas en inglés), como una plataforma web de uso abierto y anónimo para secuenciación masiva, la cual es aún más eficaz al momento de realizar observaciones detalladas para encontrar alteraciones genéticas.

Actualmente, se tiene interés de trabajo colaborativo de la herramienta con la Escuela de Medicina de la Universidad de Stanford (USA) y con el EBI-EMBL con sede en Alemania.

 

Jenniffer Jiménez Córdoba

Periodista Oficina de Divulgación e Información

 

Información tomada de: http://www.ucr.ac.cr/

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Costa Rica tendrá nuevo aliado tecnológico para la investigación clínica de enfermedades complejas

Comunicado de Prensa

  • Ultrasecuenciador generará nuevo conocimiento para contrarrestar padecimientos de difícil tratamiento y alta mortalidad
  • Contribución UCR irá de la mano con la bioinformática y la biocomputación molecular en el análisis masivo de ADN
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Este es el ultrasecuenciador, que permitirá identificar cuáles genes en el ADN contribuyen en el desarrollo de enfermedades complejas como el cáncer (foto Karla Richmond).

Estudiar a profundidad las mutaciones genéticas que inciden en el desarrollo de enfermedades complejas como el cáncer y la muerte súbita, será posible mediante un nuevo equipo tecnológico de última generación, que le permitirá al Centro de Investigación en Hematología y Trastornos Afines (CIHATA) de la Universidad de Costa Rica (UCR), generar nuevo conocimiento que contribuya a entender mejor este tipo de patologías de difícil tratamiento y de alta mortalidad en el país.

Se trata de un ultrasecuenciador, también conocido por el nombre de secuenciador de nueva generación (NGS), que tiene la capacidad de procesar y analizar secuencias masivas de ADN de una manera más rápida y eficiente que el método tradicional, con el fin de hallar las variantes en el genoma humano que inciden en la aparición de diversas enfermedades, y así aportar nuevos insumos que sirvan para contrarrestar esos padecimientos.

El equipo es el primero en Centroamérica y el Caribe ubicado en un centro hospitalario que se destinará a la investigación clínica, y que trabajará de la mano con la bioinformática, plataforma tecnológica encargada de recibir, almacenar y gestionar datos de carácter biológico, mediante novedosas técnicas de procesamiento que aseguren una adecuada interpretación y respaldo de la información genómica.

En total, cerca de 120 mil dólares fueron invertidos en la compra del nuevo procesador genético por medio de los fondos de Rectoría, que la UCR distribuye cada año en la compra de equipos de punta que apoyen el avance y el desarrollo científico de Costa Rica al servicio de la salud pública nacional.

De acuerdo con el Dr. Ricardo Chinchilla Monge, investigador del CIHATA, el ultrasecuenciador es una tecnología reciente con aproximadamente diez años de inicio a nivel mundial, lo que contribuye a que el país esté en la vanguardia de los últimos avances tecnológicos, y posea las mejores herramientas para afrontar patologías de alta complejidad.

“Se busca empezar a investigar el funcionamiento de distintos procesos biológicos de las enfermedades en relación con la genética de la población costarricense. Los genes, cuando presentan variantes, pueden provocar un desbalance funcional en el organismo. Por esa razón, es necesario analizar cuáles genes fomentan la aparición de enfermedades que causan gran cantidad de muertes al año como el cáncer, y generar información que impulse tratamientos personalizados para el paciente” indicó el Dr. Chinchilla.

Los estudios se realizarán en conjunto con la Caja Costarricense del Seguro Social (CCSS), específicamente, en el Hospital San Juan de Dios, donde el Centro tiene sus instalaciones.

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La UCR cuenta con el primer ultrasecuenciador molecular interconectado a un clúster informático de Costa Rica y Centroamérica, a cargo del bioinformático Allan Orozco. Foto Karla Richmond.

Unido con la bioinformática

El ultrasecuenciador estará interconectado con un moderno clúster bioinformático. Ese sistema, junto con un programa analizador de variantes genómicas construido en el país, permitirá que se realicen comparaciones entre una variante detectada en el secuenciador, con otra variante registrada previamente en los sistemas biocomputacionales, lo que previene el colapso de almacenamiento que sufriría un sistema de cómputo tradicional, y hasta el mismo ultrasecuenciador, debido a sus capacidades limitadas para guardar y gestionar datos masivos a largo plazo.

Según el Dr. Allan Orozco Solano, bioinformático a cargo, el clúster con el que cuenta el CIHATA une conocimientos avanzados en biotecnología, genómica y nanotecnología, adaptados en la lectura de las variantes específicas del ADN humano.

“El análisis de secuencia masiva es imposible hacerlo sin bioinformática. A través de este soporte se puede leer los genes masivos con alta precisión. El clúster cuenta con microchips, dispositivos nanotecnológicos, que hacen las lecturas de la bases del ADN rápidamente, con mayor exactitud individual, y luego almacenados en archivos FastQ, que son formatos más fáciles de manipular” afirmó el Dr. Orozco.

Con estos nuevos aportes, el país da su primer paso para migrar del método tradicional Sanger, creado en 1975, a una técnica de análisis con mejoras considerables en calidad, costo, rapidez, precisión, y profundidad investigativa.

Trabajo conjunto

Chinchilla manifestó que ahora el CIHATA centrará sus primeras investigaciones en el cáncer de mama, por ser la primera causa de muerte en mujeres en comparación con otros tipos de cáncer, y en la cardiopatía asociada con la muerte súbita, donde los pacientes tienen un corazón más grande que les impide un correcto funcionamiento de su organismo.

Con la unión hospital-academia, el Centro podrá contar con insumos de primera mano, acordes a los permisos bioéticos requeridos, mientras aporta nuevo conocimiento científico que impulse el bienestar de la salud de los costarricenses.

 

Periodista Jenniffer Jiménez Córdoba.

Oficina de Divulgación e Información

Universidad de Costa Rica (ODI-UCR)

 

 

Información enviada a SURCOS Digital por Lic. Otto Salas Murillo, Periodista Oficina de Divulgación e Información, UCR.

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